Aselsan’daki gizli projede görev yapan Elektronik Mühendisi Semih Temiz, Sakarya’daki bir arazide intihar etmiş olarak bulunur. Bunun bir suikast olduğunu düşünen MİT, Affan Alkan’ı suikastı çözmekle görevlendirir. Affan Bey cinayetin izini sürerken Turgut Özal’ın bir araya getirdiği ve Rumeli’de bağımsız devletler kurmakla görevlendirdiği gizli bir ekibin varlığından haberdar olur.

Teşkilat, Müslüman olan ilk Türk Hakanı Satuk Buğra Han, Oğuz Yabgusuna isyan edip Türk boylarına İslam’ı yayan Selçuk, Kudüs’ün fatihi Selahaddin Eyyubi, Kosova Devleti’ni kurduktan sonra hayatını kaybeden Muhsin Yazıcıoğlu gibi pek çok ismi yetiştiren gizli bir ekipten oluşmaktadır.

Affan Bey; Kerkük’te başlayan, Kudüs’te devam eden ve İstanbul’da, Çemberlitaş’ın altına gizlenmiş mahzende son bulan iktidar savaşında tarihin bütün tezlerini alt üst edecek birçok gerçekle yüzleşecektir.